Правильно
Не поняты — правила русского языка гласят, что «не» с краткими формами причастий пишутся раздельно. В данном случае имеем дело с сочетанием «не» и кратким причастием «поняты» (от глагола «понять»).
Похоже, что мы не поняты вами.
Они не поняты основной массой слушателей. 
Мы были не поняты и не услышаны.
Недопоняты — если краткая форма образована от глагола с приставкой «недо», тогда «не» в таком кратком причастии пишется слитно.
Мне кажется, что мы вами недопоняты. 
Недопоняты мы были еще в начале проекта. 
Правила вами недопоняты, от этого и проблемы.
Неправильно
Не допоняты, непоняты.
