Це слова-синоніми, які мають деяку відмінність у вживанні.
Правильно
Питання — вживаємо тоді, коли йдеться про проблему або справу, яку потрібно вирішити.
На порядку денному у нас два питання.
Доповідач порушив питання організації святкового концерту.
Запитання – це звернення до когось, для того, щоб що-небудь з’ясувати.
Несподіване запитання збентежило дівчину.
Іван не знав, як відповісти на запитання вчителя.
Неправильно
Піднімати питання.
Задавати запитання.