В залежності від значення слова вживається той чи інший варіант.
Правильно
Фактору – цей варіант закінчення вживаємо тоді, коли говоримо про фактор як чинник, рушійну силу будь-якого процесу.
Надавати великого значення людському фактору.
У розв’язанні проблеми довголіття великого значення надаємо фактору праці.
Фактора – правильний варіант написання іменника другої відміни в родовому відмінку однини. За правилами української мови закінчення –а вживаємо тоді, коли говоримо про фактор як про маклера (посередника).
Всі чекали дзвінка від фактора.
Чутки про зникнення фактора ходили давно.