В залежності від значення слова вживається один із варіантів.
Правильно
Інструмента – правильний варіант написання іменника другої відміни у родовому відмінку однини. Вживається для позначення інструмента як одиничного предмета.
В оркестрі не вистачало одного інструмента – скрипки.
У цього інструмента зламалась ручка.
Інструменту – цей варіант слова у родовому відмінку вживаємо для позначення інструменту як збірного поняття.
Вибір інструменту для ремонту автомобіля.
Набір інструменту для електромонтажних робіт.