Оба прилагательных активно употребляются в русском языке.
Правильно
Конечный — имеющий конец (во времени); основной, заключающий. Это прилагательное употребляется для обозначения конца чего-либо, однако контекст слова допускает продолжение, изменение или возобновление.
Конечной целью является получение сертификата.
Переда вами конечная версия нашей программы.
Конечный потребитель нашего товара — частные фермеры.
Окончательный — осуществляемый в конце, не подлежащий изменению, пересмотру или отмене; бесповоротный. Контекст этого прилагательного подразумевает невозможность дальнейшего продолжения чего-либо.
Мы приступили к окончательной обработке заготовок.
Окончательный расчет проводился нашим главбухом.
Подписана была окончательная версия договора.