В зависимости от контекста предложения возможны оба варианта написания.
Правильно
Начистоту – наречие, образованное от существительного «чистота» с предлогом. Оно синонимично наречиям «откровенно», «совершенно искренне». Является словарным словом, написание которого необходимо запомнить.
Говоря начистоту, мой дядя меня недолюбливал.
Они долго начистоту разговаривали в дальнем углу бара.
Мой муж выложил все начистоту, но это не уберегло наш брак от развода.
Она расплакалась и рассказала все начистоту, от чего у него побежали мурашки по коже.
На чистоту – существительное с предлогом «на» в форме винительного падежа. Согласно правилу написания предлогов с другими словами, всегда пишется раздельно. Чаще всего в предложении стоит вместе с пояснительным словом.
Он сразу обратил внимание на исключительную чистоту в ее комнате.
Чаще всего гости обращают особое внимание на чистоту в доме.
Она тратила несколько часов ежедневно на чистоту в их доме.