Обидва варіанти використовуються в українській мові, вживаються в залежності від правил милозвучності мови.
Правильно
Враховувати — вживається, щоб уникнути збігу голосних: між літерами, що позначають голосні; перед словом, що починається з голосного.
Вчителька враховувала індивідуальні особливості учнів.
Дружина так тонко враховувала особливості характеру чоловіка, що правда завжди була на її боці.
Ураховувати — пишеться між буквами, що позначають приголосні, після розділових знаків.
Прошу виступаючих урахувати це.
Запам’ятай: урахувати ці помилки треба обов’язково.