В українській мові ці слова несуть в собі дещо різні значення.
Правильно
Заступник – термін, який означає посаду на підприємстві. Це офіційна особа, яка постійно відає певними ділянками роботи одночасно працюючи з керівником, а коли він відсутній – заступає його.
Заступник директора по навчальній роботі складає розклад уроків.
Заступник директора в декретній відпустці.
Вирішіть це питання з моїм заступником.
Замісник – працівник, який тимчасово виконує чиїсь обов’язки, але, можливо, без зайняття певної посади.
Працюю замісником на чверть ставки.
Зараз у школі працюють три вчителі-замісники.