Данные глаголы очень близки по значению, однако в сочетании с разными существительными могут иметь разный контекст.
Правильно
Наполнить — имеет несколько значений: 1. занять какое-либо пространство (налив, насыпав, наложив); 2. занять кем-либо или чем-либо время (пространство). Значение слова при этом не определяет процент наполнения (возможно неполное наполнение).
Ваня смог наполнить корзину яблоками всего за пару минут.
Тебе нужно наполнить водой все ёмкости.
Она смогла наполнить его жизнь весельем.
Наполнить смыслом свою жизнь ей помогла дочь.
Заполнить — также имеет несколько значений: 1. занять целиком (без остатка); 2. вписать нужные сведения в документ, анкету. Контекст этого слова обычно подразумевает полное заполнение чего-либо на 100%, когда не остаётся свободного места.
Организатору без труда удалось заполнить концертный зал.
За два часа нам удалось заполнить все напорные башни.
Этот бланк нужно заполнить в двух экземплярах.
Анкету нужно обязательно заполнить каждому участнику.