В русском языке допустимы оба варианта.
Правильно
Перпендикулярно (чему-либо) — в предложении это наречие можно употреблять без предлога. Соответственно, в предложении существительное, которое следует за наречием, будет употреблятся в дательном падеже.
Нужно построить прямую перпендикулярно основанию.
Перпендикулярно стене нужно натянуть направляющую.
Держите ноги перпендикулярно туловищу и делайте упражнение.
Перпендикулярно к (чему-либо) — словари русского языка приводят вариант употребления наречия с предлогом «к» как равноправный.
Первая линия проведена перпендикулярно ко второй.
Крепление сделано перпендикулярно к стене.
Эта линия точно проведена перпендикулярно к основе?