Правильно
По трое — согласно правилам русского языка количественные наречия пишутся раздельно. В данном случае все подобные наречия (по одному, по двое, по трое, и т.д.) пишутся раздельно.
Мы разделились на группы по трое
Мы стали в ряд по трое человек
Они шли колонной по трое человек
Студенты заходили на экзамен по трое
Неправильно
Потрое, по-трое