Правильно
Глаза в глаза – это наречное сочетание, образованное повторением существительных, которые разделяются предлогом, следует писать отдельно.
Взявшись за руки и глядя глаза в глаза, они стояли на огромной скале над пропастью.
Противники стояли глаза в глаза, бряцая оружием и доспехами, пытаясь напугать друг друга.
Коты орали неимоверно, глядя глаза в глаза и медленно поворачиваясь по кругу.
Я бы предпочел встретиться и поговорить с ним глаза в глаза, чем решать вопросы так.
Неправильно
Глаза-в-глаза, глаза вглаза.