Правильно
Не по-твоему — написание такого выражения подчиняется правилу написания наречий с частицей «не». Если без частицы «не» исходное слово не существует, тогда оно пишется слитно, если существует — раздельно. Наречие «по-твоему» существует, соответственно, с частицей «не» оно пишется раздельно.
Мы сделали не по-твоему, вот ты и злишься.
Ты хочешь сказать, что получилось не по-твоему?
Пусть не по-твоему, но работа выполнена.
Не по твоему — раздельно все слова будут писаться в том случае, когда в предложении слово «твоему» является местоимением. Отвечает на вопрос «по чьему?».
Они провели собрание не по твоему плану.
Всё идет не по твоему сценарию.
Мы общались не по твоему вопросу.
Неправильно
Непо-твоему, непотвоему.