Окончание слова зависит от падежа, в котором оно употребляется в предложении.
Правильно
Проверки — с окончанием на «и» существительное пишется в форме родительного падежа единственного числа (отвечает на вопрос «чего?»), а также в форме именительного и винительного падежа множественного числа.
На входе каждого участника останавливали для проверки документов.
Аудиторские проверки проводились каждый год.
На все проверки со стороны головной организации-заказчика мы реагировали спокойно.
Проверке — с окончанием на «е» слово пишется в форме дательного и предложного падежа единственного числа. В предложном падеже слово употребляется с предлогами на, в, о, об, обо, при.
Бухгалтерские документы подлежат проверке внешним аудитором.
При проверке предприятия было выявлено несколько нарушений.
Напишите нам о предстоящей проверке заранее.